Stosowanie urządzenia papimi jest zwykle bardzo dobrze tolerowane.
Ponieważ urządzenie papimi działa na organizm w sposób regulujący, należy spodziewać się pozytywnych „skutków ubocznych” informujących o skuteczności terapii (objawy bólowe, przejściowe zaburzenia w morfologii krwi). Jednak u niewielkiej części pacjentów mogą wystąpić działania niepożądane. 1,5% pacjentów skarżyło się na zawroty głowy, zmęczenie, nudności lub ból głowy podczas pierwszego zabiegu. Początkowe reakcje mogą zostać zredukowane poprzez spożywanie wystarczającej ilości wody przed i po zabiegu. U nielicznych pacjentów w przypadku tej formy fizjoterapii może wystąpić krótkotrwały wzrost nasilenia objawów. Efekt tymczasowego początkowego nasilenia bólu po fizjoterapii jest znany w medycynie fizykalnej i wskazuje na efekt ostry. Początkowy wzrost natężenia bólu zwykle ulega złagodzeniu po upływie kilku dni.
Istnieją znane przeciwwskazania do terapii elektromagnetycznych: implanty elektroniczne, takie jak rozruszniki serca czy implanty ślimakowe, metalowe implanty pierścieniowe oraz ciąża.
W bezpośrednim sąsiedztwie aplikatora nie mogą znajdować się żadne przedmioty elektroniczne. Należy je utrzymywać w odległości co najmniej 2 m od aplikatora.